O curso de Ciências Biológicas da UFPEL foi oficialmente fundado em 26 de Agosto de 1994, com o compromisso de formar profissionais capacitados, bem como iniciá-los e encaminhá-los para a pesquisa e produção de conhecimento na área de atuação do profissional biólogo. Em 27 de Outubro de 2000 obteve o reconhecimento através do Ministério da Educação (MEC).
Passados dois anos da sua criação, em 1996, o Instituto de Biologia passou a ofertar o seu primeiro curso em nível de Pós-graduação: Mestrado em Fisiologia Vegetal; e no ano de 2004 iniciaram as atividades do Doutorado em Fisiologia Vegetal.
Em 2003, o curso de Ciências Biológicas foi subdividido em dois cursos, Bacharelado e Licenciatura. Ambos possuem a mesma base curricular referente ao ensino de ciências, diferindo apenas pelo acréscimo das disciplinas pedagógicas no currículo da licenciatura.
No ano de 2004, foi criado o Programa de Pós-graduação em Parasitologia, em nível de Mestrado, e a partir de 2010 o curso de Doutorado.
A partir de 2010, a UFPEL adere o Sistema de Seleção Unificada (SISU), que tem sua base no desempenho obtido na prova do ENEM.
Para se adequar aos novos parâmetros do MEC, em 2011, o curso sofreu uma nova adaptação de currículo, onde foram revista sua estrutura e ênfase. Em 2012 foi implementado o Programa de Pós-graduação: Mestrado em Entomologia.
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